
Het algemeen bestuur bestaat uit 23 leden, verdeeld over vier belangencategorieën. De leden van het Algemeen Bestuur worden deels gekozen (16) en deels aangewezen (7) en wel voor vier jaar door de mensen die belang hebben bij het werk van het waterschap.
Het algemeen bestuur bepaalt het beleid van het waterschap en neemt daarover besluiten . Het algemeen bestuur bepaalt bijvoorbeeld het beleid ten aanzien van aanleg, beheer of onderhoud aan bijvoorbeeld dijken, zuiveringsinstallaties of gemalen. Ook stelt het bestuur de begroting vast en vaardigt hij verordeningen uit.
Lijst nevenfuncties leden Algemeen Bestuur (pdf)
Door en uit het algemeen bestuur worden vier leden gekozen. Zij vormen samen met de dijkgraaf het Dagelijks Bestuur. Het dagelijks bestuur bereidt besluiten van het algemeen bestuur voor, voert de besluiten van het algemeen bestuur uit en houdt zich bezig met de dagelijkse gang van zaken bij het waterschap. Hierbij werkt het dagelijks bestuur volgens een taakverdeling en bepaalde werkwijze (pdf) . Als basis voor het beleid gebruikt het dagelijks bestuur het Bestuursakkoord (Afbeelding) .
De dijkgraaf wordt door de Kroon benoemd voor een periode van zes jaar en is de voorzitter van het algemeen bestuur en het dagelijks bestuur. De dijkgraaf heeft daarnaast ook nog eigen bevoegdheden. Hij mag bijvoorbeeld zelfstandig besluiten nemen in spoedeisende situaties. En hij vertegenwoordigt het waterschap naar buiten.
Sinds 1 januari 2012 is de heer L.P. Middel dijkgraaf van Waterschap Noorderzijlvest.
Het algemeen bestuur neemt beslissingen en bepaalt het beleid van het waterschap. De ambtenaren van het waterschap ondersteunen het bestuur, bereiden het beleid voor en voeren uiteindelijk het vastgestelde beleid uit. Aan het hoofd van de ambtelijke organisatie staat de secretaris-directeur van het waterschap. De secretaris-directeur maakt geen deel uit van het bestuur, maar is de eerste adviseur van het bestuur en tevens voorzitter van het managementteam. De secretaris-directeur van Waterschap Noorderzijlvest is mevrouw C.A. Tomson.