Waterschap Noorderzijlvest is een regionale overheid met een bestuur. Het bestuur van waterschap Noorderzijlvest bestaat uit een algemeen en een dagelijks bestuur (Het bestuurlijke college dat in opdracht van het algemeen bestuur de dagelijkse gang van zaken binnen het waterschap bestuurt.). De 23 leden van het algemeen bestuur (Hoogste beslisorgaan van het waterschap. Zet beleid uit en neemt beslissingen.) maken samen het beleid van het waterschap. Ze doen dat namens de groepen inwoners, bedrijven, bos en natuur en de boeren. Het dagelijks bestuur is gekozen uit het algemeen bestuur. Het bereidt besluiten van het algemeen bestuur voor en voert de besluiten uit. De dijkgraaf (De voorzitter van een waterschap (vergelijkbaar met de functie van burgemeester).) is voorzitter van het algemeen en dagelijks bestuur. In het eerste heeft hij geen stemrecht, in het tweede wel.
